Хотя точная причина целиакии неизвестна, наличие определенных генов увеличивает Ваш риск ее развития. Вы имеете большую вероятность обнаружить в своем генотипе эти гены, если кто-либо из Ваших родственников первого порядка (мама, папа, брат, сестра, сын или дочь) болен целиакией. Спровоцировать изменения в тонком кишечнике могут факторы окружающей среды, такие как вирусные и бактериальные инфекции. При этом продукты питания, которые содержат глютен, могут приводить к патологическому ответу иммунной системы. Все это в итоге приводит к проблемам с пищеварением и абсорбцией.

В настоящее время продолжаются исследования относительно того, как генетические, экологические и иммунологические факторы влияют на симптомы человека, в каком возрасте они появляются, и развиваются ли долгосрочные проблемы со здоровьем.